يعتبر مزار الإمامزاده سيد جعفر (ع) أحد المعالم الدينية والسياحية في يزد ، والتي تحظى بشهرة واحترام كبيرين بين سكان المدينة والزائرين من المدن الأخرى، ويحتل السيد جعفر مكانة خاصة في قلوبهم لذلك لا يخلو مزاره من الزوار طيلة أيام السنة. يقع المزار على مدخل المدينة عند ما يسمى "بوابة القرآن"، ويضم في كنفه قبورا لعدد من الشهداء ما زاد روحانية المكان الممتد على مساحة كبيرة كما تم تجديد المزار عام 1980 ميلادي.